O distrito de Beja corresponde à metade sul da planície alentejana, irrigada por cursos de água em geral pequenos e que quase secam (ou secam mesmo) no verão, e pontuada aqui e ali por serras baixas e pouco inclinadas.
O principal acidente do distrito é o vale do rio Guadiana, que atravessa de norte para sul a sua parte oriental, separando a planície principal de um território entre o rio e a fronteira espanhola que, conjuntamente com as serras algarvias que limitam o distrito a sul (Serra de Monchique, Serra do Caldeirão e Serra de Espinhaço de Cão) são as áreas mais acidentadas e de maior altitude do distrito: A Serra da Adiça e os primeiros contrafortes da Serra Morena espanhola ultrapassam os 500 m de altitude. Para além destas elevações, só a Serra do Cercal, no limite com o distrito de Setúbal perto de Vila Nova de Milfontes e a Serra do Mendro no limite com o distrito de Évora, a norte da Vidigueira são dignas de nota, atingindo 341 m e 412 m de altitude, respetivamente.
Na rede hidrográfica, para além do Guadiana e dos seus muitos mas pouco caudalosos afluentes, há duas outras bacias hidrográficas relevantes: a do Sado, que nasce no distrito, nas imediações de Ourique e se dirige para o distrito de Setúbal, e a do rio Mira, que nasce na serra do Caldeirão e vai desaguar no Atlântico junto a Vila Nova de Milfontes. Além destas redes, penetram também no distrito partes da bacia hidrográfica do rio Arade, cuja nascente é muito próxima da do Mira mas se dirige para o Algarve e da Ribeira de Seixe, cujo vale serve de fronteira com o Distrito de Faro. Ficam no distrito de Beja algumas barragens de grandes dimensões, nomeadamente a maior do país, a Barragem do Alqueva (Rio Guadiana, partilhada com o distrito de Évora e com Espanha), a barragem do Chança (rio Chança, partilhada com Espanha), barragem de Santa Clara (rio Mira), a barragem do Monte da Rocha (rio Sado) a barragem do Roxo (ribeira do Roxo) e a barragem de Odivelas (ribeira de Odivelas).
A costa é rochosa e estende-se quase em linha recta de norte para sul, sendo os principais acidentes a embocadura do Mira e o Cabo Sardão.
