O sistema de saúde português é caraterizado por três sistemas coexistentes: o Serviço Nacional de Saúde (SNS), os regimes de seguro social de saúde especiais para determinadas profissões (subsistemas de saúde) e seguros de saúde de voluntariado privados. O SNS oferece uma cobertura universal. Além disso, cerca de 25 % da população é coberto por subsistemas de saúde, 10 % em seguros privados e outros 7 % em fundos mútuos.
O Ministério da Saúde é responsável pelo desenvolvimento da política da saúde, bem como de gerir o SNS. Cinco administrações regionais de saúde são responsáveis pela execução dos objetivos da política nacional de saúde, desenvolvimento de orientações e protocolos e supervisionar a prestação de cuidados de saúde. Os esforços para a descentralização têm-se destinado a transferir a responsabilidade financeira e de gestão a nível regional. Na prática, porém, a autonomia das administrações regionais de saúde sobre definição de orçamento e das despesas foi limitada aos cuidados primários. O SNS é predominantemente financiado através de uma tributação geral. As contribuições dos empregadores (incluindo o Estado) e dos empregados representam as principais fontes de financiamento dos subsistemas de saúde. Além disso, os pagamentos diretos pelo paciente e os prémios de seguros voluntários de saúde representam uma grande percentagem de financiamento.
Semelhante aos outros países da Europa, em Portugal a maioria da população morre com doenças não-transmissíveis. A mortalidade devido a doenças cardiovasculares (DCV) é maior do que na Zona Euro, mas as suas duas principais componentes, a doença cardíaca e a doença cerebrovascular, mostram as tendências em relação inversa com a Europa, com a doença cerebrovascular sendo a maior causa de morte em Portugal (17 %). Doze por cento da população morre de cancro com menos frequência do que na Europa, mas não diminui a taxa de mortalidade tão rapidamente como na Europa. O cancro é mais frequente entre as crianças, bem como entre as mulheres mais jovens, com idade inferior a 44 anos. Embora o cancro do pulmão (lentamente aumentando entre as mulheres) e o cancro da mama (diminuindo rapidamente) não afetem tanto, o cancro do colo do útero e da próstata são mais frequentes. Portugal tem a mais alta taxa de mortalidade por diabetes na Europa, com um aumento acentuado desde os finais da década de 1980.
Em Portugal, a taxa de mortalidade infantil caiu acentuadamente desde a década de 1980, quando 24 em cada 1 000 recém-nascidos morriam no primeiro ano de vida. Agora, é cerca de 3 mortes por cada 1 000 recém-nascidos. Esta melhoria deveu-se principalmente à diminuição da mortalidade neonatal, de 15,5 para 3,4 por cada 1 000 nascidos vivos. De acordo com o último Relatório de Desenvolvimento Humano, a média de vida em 2006 foi de 77,9 anos.
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